Después de ser elegido Papa, Lenny Belardo debe navegar por la política de la Ciudad del Vaticano. Conmociona al Vaticano con su deseo de rechazar tanto la publicidad como la filosofía liberal de su predecesor.

Después de que su discurso inaugural deja en claro que no será manipulado, Lenny se hace enemigos dentro del Vaticano. Sin embargo, gana un seguidor ardiente.

Lenny planea liderar un resurgimiento del cristianismo conservador mientras su antiguo mentor, el cardenal Spencer, lucha con el cardenal Voiello por su incapacidad para controlar a Lenny. Lenny obliga a Voiello a revelar que las fuerzas liberales en el Colegio Cardenalicio bloquearon la elección de Spencer como Papa, lo que resultó en un acuerdo entre los dos hombres para usar a Lenny como un títere. Cuando Lenny amenaza con excomulgar a Voiello, el cardenal liberal se ve obligado a jurarle lealtad. Más tarde, un encuentro casual con Esther, la esposa de un miembro de la Guardia Suiza, hace que Lenny sufra una convulsión en su presencia.

El cardenal Voiello insta al joven Papa Pío XIII a que finalmente aborde el escándalo de abusos que rodea al cardenal estadounidense Kurtwell. El Papa sorprende a Voiello al solicitar que se elimine a todos los homosexuales de la Iglesia Católica sin importar la persona. Voiello luego intenta obligar a Esther, la esposa de un guardia suizo, a seducir al Papa.

Voiello orquesta un escenario escandaloso diseñado para paralizar al Papa; Lenny se marcha con Andrew Dussolier; Pío XIII decide dirigirse al Colegio Cardenalicio en la Capilla Sixtina.

Lenny se reúne con el primer ministro italiano; El cardenal Gutiérrez se muda a regañadientes del Vaticano para su nueva asignación en el extranjero; Dussolier asume sus nuevas funciones; Voiello es interrogado sobre Tonino; El milagro de Ester se hace realidad.

Voiello considera escenarios nuevos y familiares para derrotar a Lenny; La hermana Mary lucha con su conciencia; Lenny se distrae con la posibilidad de una reunión familiar; Dussolier le informa al Papa que quiere regresar a Honduras.

Lenny y la hermana Mary lidian con una pérdida compartida a su manera peculiar; Sofía sugiere que el nuevo Papa se embarque en su primer viaje al extranjero; Lenny se siente alentado por la visita de su autor favorito y consternado por la repentina partida de un amigo.

Lenny y la hermana Mary reviven un incidente trascendental del pasado cuando el Papa enfrenta la perspectiva de una pérdida impensable en el presente; en Nueva York, Gutiérrez se enfrenta a dificultades abrumadoras en su investigación en curso sobre Kurtwell.

El Papa considera un curso de acción apropiado con respecto al arzobispo Kurtwell; El padre Tomasso consigue un ascenso; La hermana Mary asume un nuevo papel; la perspectiva de una reconciliación lleva al Papa a cambiar los planes y la política de viaje.